Parece haver um risco aumentado de câncer de ovário, particularmente endometrióide e tipos de células claras, em indivíduos com endometriose ovariana, mas não para pacientes com endometriose peritoneal ou infiltrativa profunda.
O risco de transformação maligna da endometriose foi estimado em 1 por cento para mulheres na pré-menopausa e 1 a 2,5 por cento para mulheres na pós-menopausa.
Câncer de ovário associado à endometriose parece se desenvolver em mulheres mais jovens e tem um prognóstico melhor do que a maioria dos casos de tipos histológicos